在边缘系统中有一个重要的部分叫做下丘脑,这里经常被当作全身内分泌系统的“主腺”。下丘脑释放出许多化学信息物质，从而指挥全身内分泌系统,命令其各部分生产或停止生产各种激素。它还含有神经纤维，专门接受神经信号和分泌激素问),使它成为大脑中至关重要的部分，主管着神经系统和内分泌系统的交叠和信息交换。
作为边缘系统的一部分，下丘脑对来自芳香物分子的信息同样很敏感。正因为这种敏感，使得我们吸人的这种化学物质对内分泌系统产生了强烈的影响。每一位住过女宿合的女性都有过这样的经历,大家同住一段时间以后，彼此的月经周期都一致了。
1998年由两位生理学家McClintock和ISterm进行的一项实验表明,把一位女性的腋 下分泌物放在另一位女性的鼻子下面,能够显著地推迟或加快这位女性的月经周期。这就明确地证明,吸入来自另一位女性身体的化学物质可以产生改变女性月经周期的效果。
内分泌系统对全身的其他系统特别是生殖系统，有着重大的影响。理解了这些,特别有助于三亚桑拿会所的按摩师对那些有经前期综合征、痛经以及更年期综合征的顾客进行治疗，因为芳香疗法具有调整情绪或者直接调整内分泌系统，从而帮助治疗这些症状的潜力。由Yamada等人于1996年进行的一项试验 表明,吸人甘菊香精油(Maricaria reutita)可以通过对下丘脑产生作用,使更年期女性的焦虑和沮丧减轻。
